Illustratorでだけ発生している問題ですが、起動時にCPUがフルになります。おおよそフォントを読み込む直前あたりで発生します。
起動時はCPUコアを1つしか使わないからか、4コアのPCで起動するとIllustratorのCPU使用率が25%となりそのまま応答なし（フリーズ）になります。2コアのPCなら50% でフリーズします。
またこれはCS2のころから発生しており、CS5やCC2015でも全く同じ現象が発生しています。また、複数台のPCで発生しています。海外でもこれは「Illustrator CPU usage Full」という名前で報告されていますが、根本的な解決策はでていません。
これを一時的に解決する手段として、「フォントを一部削除して再起動」することで正常に起動できるようになることまではわかっています。再起動後に消したフォントを再度インストールしても、起動することの方が多いです。おそらくAdobeのアプリケーション内部 で持っているフォントキャッシュのようなものが原因ではないかと思っています。ちなみにWindowsのフォントキャッシュ（fntcache.dat）を消しても直ったことはありません。
インストールしているフォントが多すぎるのが原因かもしれませんが、モリサワパスポートのフォントをインストールするだけで発生するため、はっきりいって障害が大きすぎます。この問題、Ado beは把握していますよね？いい加減なんとかしてください。あるいは、Illustratorが抱え込むフォントキャッシュの削除・リフレッシュの仕方だけでも教えてもらえないでしょうか。