グループ化されたオブジェクト（同色・白）の一部だけ、色が表示されず（背景がイキになる）、出力物も同様の状態です。
アートワーク表示ではパスも存在し、選択すれば、色情報も残っています。
OP・乗算設定も掛かってません。
表示されないオブジェクト自身を直接操作（表示・非表示・グループ解除等）すれば、色が復活します。
一度、復活させれば次から消えることはありません。
この症状の原因を知りたいのですが、どなたかわかる方はいらっしゃいますか？
顧客へ説明しなくてはいけないので、データ解析などして原因のレポートなどを作成していただけるものなのでしょうか？